Um den gestiegenen Qualitätsanforderungen an die psychosomatischen und psychotherapeutischen Rehabilitationseinrichtungen und der Weiterentwicklung indikationsbezogener Behandlungskonzepte unter Beachtung verschiedener Methodenansätze zu entsprechen, hat sich die Klinik am Hainberg auf fünf Abteilungen spezialisiert:
Jede Abteilung ist in Wohnbereiche mit bis zu 25 Patienten gegliedert, die jeweils von einem Behandlungsteam betreut werden.